Демократичните промени заварват здравното заведение като Първостепенна окръжна клинична болница. От 1989 година до 2000 година тя продължава да е на общинско подчинение, но под ново име: Обединена районна клинична болница /1994 година.
От 1990 година започва структурно нов етап за болницата. Предприетите правителствени и общински мерки за сегментиране на здравните заведения по пазарни критерии с диференциация на функциите им /болнична и доболнична/ и подготовката им за функциониране в условитята на бъдещ здравен пазар доведоха до редица промени. От структурата на болницата отпаднаха детското ревмокардиологично отделение в гр. Суворово и болничният комплекс в град Девня 1992 година. Болничната и доболничната медицинска помощ се разделиха в две структурно независими заведения – Обединена районна клинична болница и Диагностично-консултативен център 1994 година, което доведе до закриване на обединеното счетоводство и създаване на четири самостоятелни структури, съответно към: ОРКБ, ДКЦ, Диспансер за онкологични заболявания и Специализиран център по трансфузионна хематология. След ликвидирането на “Аптечно” ЕАД – Варна бе разкрита болнична аптека 1994 година. Ликвидирана беше Дирекцията за стопанска и спомагателна дейност към Община-Варна и нейните поделения: хранителен комплекс и пералня преминаха към структурата на болницата 2000 година.
Със заповед на Министърът на здравеопазването от август 2000 година болницата е регистрирана като акционерно дружество и приема названието “Многопрофилна болница за активно лечение "Света Анна-Варна" АД с 51 % държавно участие. Останалите акционери са общините от Варненска област, чието население приоритетно се лекува в болницата. Начело на заведението стои Изпълнителен директор със заместници по медицинска и икономическа дейности. Болницата разполага с модерна апаратура, която дава възможност диагностицирането да се извършва в рамките на десет минути. Тук безотказно се обслужват всички, които се нуждаят от спешна помощ. Специализирана е в хирургичното лечение. През активния летен сезон практически обслужва населението на цялата страна, както и чужденци, избрали България за курортна дестинация. Болницата разполага с около 500 легла и годишно през нея преминават между 22 и 23 хиляди пациенти. За тяхното здраве се грижат 240 лекари и 450 медицински сестри.
- Ортопедия и травматология
- Съдова хирургия
- Урология
- Гинекология
- Неврохирургия
- Детска хирургия
- Коремна хирургия
- Клиника по Педиатрия
- Клиника вътрешни болести