Институт по земеделие – Кюстендил е основан през 1929 год. като Опитна и контролна станция по овощарство в най – стария център за производство на плодове в България.
Институт по земеделие – Кюстендил е структурно звено на Селкостопанска Aкадемия към Министерство на земеделието и храните и е специализирано научно – изследователско учреждение за решаване на теоретични и практически проблеми на земеделието, внедряване на български и чужди постижения, оказване помощ на земеделските производители.
Днес, научните работници и специалисти се стремят да отговорят на всички предизвикателства, поставени пред земеделската практика и наука.
Съобразно устройственият правилник на Институт по земеделие е с научен състав от 17 сътрудника и е разпределен в 2 отдела: Селекция, интродукция и сортоизучаване на културните растения и Агротехника, растителна защита и икономика на културните растения.
Научноизследователската програма включва изпълнението на 9 научноизследователски проекти, два проекта за двустранно научно – техническо сътрудничество и 2 проекта с Министерството на образованието и науката.
Обособено е Бюро за научно обслужване и маркетинг – комплектовано с наличните кадри. Функционира библиотека и информационен център. Общият брой на щатните бройки е 64.
Институтът по земеделие е акредитиран от Национална агенция за оценяване и акредитация – София за обучение по образователна и научна степен доктор по научни специалности: Селекция и семепроизводство на културните растения и овощарство.
Провеждат се и изследвания върху слаборастящи сортоподложкови комбинации за създаване и внедряване в практиката на по – интензивни насаждения при осигурена вода за поливане.
Овощарската опитна станция в Кюстендил започва своята дейност с директор ст. н. с. І ст. Тодор Захов. Проучва се интер стерилитета при черешови сортове и се установяват 3 интерстерилни групи.
Изследва се степента на фертилност при вишневи и сливови сортове и влиянието на климатичните фактори върху размера на черешовата реколта в Кюстендилско.
Провеждат се опити с химически средства за борба с болести по сливата и неприятели по ябълката. За първи път в България се правят цитологични изследвания при овощните растения.
През 1947 г. за директор на Института е назначен ст. н. с. І ст. Иван Илиев. Разширяват се започнатите изучавания и по отношение биологията и средства за борба срещу икономически важни болести – къдравост по прасковата, червени листни петна и кривули по сливата и неприятелите – черешова муха, ябълков плодов червей, ябълков цветопробивач.
Започва работа за създаване на сливови сортове, устойчиви на червени листни петна и шарка, на кайсиеви – с продължителен дълбок покой, на крушови, ябълкови и прасковени с по – добри вкусови качества на плодовете и с различен период на зреене.
За първи път в България се залагат опити за преодоляване на алтернативното плододаване и торене при ябълката със сидератни култури. Продължават изучаванията върху ябълкови клонови подложки и други.