Общината е разположена в североизточната част на област Разград. С площта си от 402,244 km2 заема 3-то място сред 7-те общини на областта, което съставлява 16,55% от територията на областта. Границите ѝ са следните:
- на юг – община Самуил;
- на югозапад – община Разград;
- на северозапад – община Завет;
- на север – община Главиница, област Силистра;
- на североизток – община Тутракан, област Силистра;
- на югоизток – община Каолиново, област Шумен.
Релеф
Община Исперих се намира в централната част на Източната Дунавска равнина. Релефът ѝ е равнинен и слабо хълмист, с дълбоко всечени долини и суходолия, като надморската височина варира от 200 до 300 m и се понижава от юг на север. Цялата територия на общината попада в северната част на Лудогорското плато и тук южно от село Малко Йонково, на границата с община Самуил се намира най-високата ѝ точка – 348,4 m. Западно от село Райнино, в суходолието на река Царацар е най-ниската ѝ точка – 136 m н.в.
Води
Община Исперих е бедна на повърхностно течащи води. През нея от юг на север епизодично (през пролетта и при поройни дъждове) протичат водите на две реки Царацар и Сенковец, чиито суходолия достигат до река Дунав и те официално се смятат за нейни десни притоци. Река Царацар (Крапинец, 108 km) води началото си от община Самуил. Тя навлиза в община Исперих югозападно от село Бърдоква и тече на север в дълбока каньоновидна долина, всечена в аптските варовици на Лудогорското плато. Преминава последователно покрай селата Лудогорци, Голям Поровец и Малък Поровец. След мюсюлманското светилище Демир баба теке частично протича по границата с община Завет и западно от село Райнино напуска пределите на общината. В този си участък протичащ през общината реката почти през цялата година има постоянно течаща вода, което е изключение за повечето реки в Лудогорието. На територията на община Исперих в нея отляво се вливат двата ѝ най-големи притока: реките Война и Чаирлък. Река Война (Лудня, 35 Km) също води началото си от община Самуил. Югоизточно от село Малко Йонково навлиза в пределите на община Исперих и до бившето село Воден долината ѝ е широка. След това тя става каньоновидна и при село Малък Поровец се влива отляво в Царацар. Река Чаирлък (Текедере, 35 km) навлиза в община Исперих от към община Разград западно от село Йонково. Тя протича в дълбока каньоновидна долина и при мюсюлманското светилище Демир баба теке се влива отлява в Царацар.
В източната част на общината протича река Сенковец (102 km). Тя навлиза на територията ѝ източно от село Бърдоква и протича в дълбоко всечена в аптските варовици долина. Минава южно от град Исперих и западно от село Китанчево, където окончателно пресъхва. От там нататък долината ѝ представлява суходолие, в което епизодично протичат води. Североизточно от село Конево напуска пределите на общината. В нея отдясно, североизточно от село Лъвино се влива най-големият ѝ приток река Ясенковец.
В община Исперих има изградени няколко микроязовира, водите на които се използват основно за напояване. По-големи от тях са: „Исперих“ (на река Сенковец), „Малък Поровец 1“ (на река Война), „Мръсен гьол“ (източно от село Свещари) и др.