Община Сапарева Баня е разположена в Югозападна България на 750 м надморска височина, непосредствено под северните склонове на величествената Рила планина и заема североизточната част на Кюстендилска област.
Освен с природните си забележителности, Сапарева баня е прочута и със своите минерални извори. В града Сапарева баня извира най-горещата минерална вода в Европа 103 °С. Тук се намира и единственият по рода си на Балканския полуостров гейзер – забележителен природен феномен.
Минералната вода в Сапарева баня спада към групата на специфичните. Характеризира се като хипертермална, слабоминерализирана, сулфатно – хидрокарбонатна, натриева, флуорна, силициева и сулфидна. Сапаревобанската минерална вода е бистра, безцветна, с мирис на сероводород. Температурата при нейния извор е 102 °С.
Курортните и лечебните заведения в Сапарева баня са профилирани и специализирани за лекуване на заболявания на опорно-двигателния апарат, на периферната нервна система, поражения на централната нервна система, гинекологични заболявания, остри и хронични отравяния със соли на тежките метали, заболявания на кожата, на горните дихателни пътища и други.
Лечебните свойства на бликащите при Сапарева баня минерални води са били познати на най-древните обитатели в този красив кът на България и те до голяма степен предопределят неговата богата и интересна история.
В природния ландшафт на община Сапарева баня преобладаващ е планинският релеф, където се открояват стръмните склонове на Кабулския дял на Северозападна Рила с дълбоко врязаните долини на реките Джерман и Горица, както и циркусите на Седемте рилски езера.
Околностите предлагат редица маршрути за излети и екскурзии. В близост до курорта Паничище, разположен в северозападната част на Рила, се намира най-ниското и безотточно езеро на Рила, което също е природен феномен. Паничище е изходен пункт на туристически маршрути към най-високата планина на Балканския полуостров – Рила. Особено интересна природна забележителност в района на общината е Овчарският водопад на река Горица.
Община Сапарева баня е определена като изключително чист в екологично отношение район и много подходящ за планински туризъм, летен и зимен отдих, с добра база и за упражняване на различни видове зимни спортове.
В горските площи преобладаващ е процентът на иглолистните гори. Доминират смърчът, елата, белият и черният бор, но има и дъб, и бук. Уникални за високопланинския район са клековите гори и сибирската хвойна под Рилските езера, както и бялата мура в резервата „Скакавица“.
За планинските участъци са характерни редки растителни видове, защитени от закона и включени в Червената книга на България и на Европа: рилско подрумче, жълта тиква, рилски ревен, златиста кандилка, българско омайниче, рилска иглика, кръглолистна росянка и други.
Фауната на територията на общината е изключително богата на бозайници, влечуги, птици, земноводни и водонаселяващи видове. Срещат се редки и защитени животни – балканска дива коза, вълк, мечка, златка, смок, алпийски тритон, скален орел, скалолазка, чучулига. Езерните и речните води се обитават от различни видове риби, включително планинска пъстърва.