Археологическият музей на Созопол е разположен в старата част на града.

Музеят се помещава в сградата на храма „Св. св. Кирил и Методий”, както и в няколко зали, предоставени от културния център на Созопол.

Археологическият музей представя историята и хилядолетната културна традиция на Созопол от края на VІ хил. пр. Хр. до ХVІІ век сл. Хр.

Най-забележителни са:

• колекциите от каменни и оловни котви и щикове - ІІ- І хил. пр.Хр., 
• древногръцки рисувани вази - VІ - V в.пр.Хр.
• антични и средновековни амфори - VІ в. пр.Хр. - ХІV в. сл.Хр.
• алабастровото ковчеже, в което векове са били съхранявани мощите на св. Йоан Предтеча,
• малката кутийка с надпис на гръцки език, която разказва за пътя на мощите до Остров Свети Иван.

Музеят е структуриран в две направления: археология (V хилядолетие пр.Хр. – XVII в. сл.Хр.) и християнско изкство (XVII-ХІХ век).

Мощите на св. Йоан Предтеча бяха открити при археологически разкопки на близкия Остров Св. Иван през лятото на 2010 г.

Днес ценната реликва често гостува в други градове, а когато е в Созопол, може да бъде видяна в храм „Св. св. Кирил и Методий” в града.

Старинен Созопол с мощите на св. Йоан Кръстител бе победителят в класацията "Чудесата на България", проведена през 2011 г.